Bước 1: Doanh nghiệp gửi hồ sơ đề nghị làm thủ tục hải quan đối với xuất khẩu, tái xuất xăng dầu cho tàu biển.
Bước 2: Trong thời hạn bảy làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ, Chi cục Hải quan thực hiện: Kiểm tra hồ sơ (trường hợp có nghi vấn với chứng từ bản chụp, Chi cục Hải quan yêu cầu doanh nghiệp xuất trình bản chính để kiểm tra, đối chiếu); lập Phiếu theo dõi trừ lùi khi làm thủ tục tái xuất; tính thuế, thu thuế đối với phần xăng dầu đã làm thủ tục tái xuất cho tàu biển, tàu bay chạy chặng nội địa trong hành trình chạy tuyến quốc tế hoặc tàu biển, tàu bay đã xuất cảnh nhưng vì lý do khách quan không xuất cảnh để chạy tuyến quốc tế hoặc đã làm thủ tục xuất cảnh nhưng thay đổi lịch trình (có thêm chặng nội địa); xác định xăng dầu đã xuất khẩu đối với xăng dầu xuất khẩu, tái xuất.
Bước 3: Doanh nghiệp thực hiện nộp thuế đối với xăng dầu xuất khẩu, xăng dầu tái xuất nhưng thực sử dụng trong nội địa